일반적인 M&A 거래구조의 형태는 주식인수, 합병, 영업양수도 등으로 나누어집니다. 최근 유니콘 스타트업들은 활발히 스타트업을 인수하고 있습니다. 이하에서는 비상장법인 간의 스타트업 M&A시 주로 사용되는 주식인수 방식의 M&A 과정에서 발생하는 세금문제에 대하여 알아보도록 하겠습니다.

1. 주식 양도자 측에 발생하는 세금 문제

1) 양도소득세 양도자는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 신고·납부하여야 합니다. 비상장법인 스타트업 주식을 양도하는 경우 양도차익(주식양도가액에서 주식취득가액을 차감한 금액)에 대하여 아래의 세율로 양도소득세가 과세되며 양도소득세의 10%를 지방소득세로 부담합니다.

대주주의 경우 소액주주와 달리 보유기간과 과세표준에 따라 세율이 달리 적용되므로 대주주 판단에 주의하여야 합니다. 세법상 비상장법인 대주주란 주식양도일의 직전연도 종료일 기준 지분율이 4% 이상(직전연도 종료일 현재 지분율이 4% 에 미달하였으나 그 후 주식을 취득함으로써 지분율이 4% 이상 되는 경우 포함) 또는 주식양도일의 직전연도 종료일 기준 소유주식의 시가총액이 10억원 이상인 주주를 의미합니다.

한편, 부동산등 과다보유법인 주식을 양도하는 경우 세법상 특정주식 양도에 해당하여 양도소득세 기본세율(6%~45%)로 양도소득세가 과세됩니다.

최근에는 유니콘 스타트업이 다른 스타트업을 인수할 때 인수대가로 현금 뿐만 아니라 유니콘 스타트업의 주식을 발행하는 경우도 많이 있습니다. 이때 양도자 입장에서는 양도대가로 수령한 인수법인의 주식에 대해서도 양도소득세를 납부해야 함을 인지해야 합니다.

2) 증권거래세 양도자는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 증권거래세를 신고·납부하여야 합니다. 비상장법인 스타트업 주식을 양도하는 경우 양도자는 양도가액의 0.35%를 증권거래세로 부담합니다. 이때 양도자는 양도대가로 인수법인의 주식을 수령한 경우에도 증권거래세를 납부해야 함을 유의해야 합니다.

3) 양도소득세 및 증권거래세 신고 시 세무상 고려사항 ① 양도소득세 및 증권거래세 법정신고기한 준수 세법상 양도소득세 및 증권거래세는 예정신고·납부 의무를 정하고 있으며 법정신고기한(양도일이 속한 반기의 말일부터 2개월)까지 세금을 신고·납부하지 않은 경우에는 무신고가산세(미납세금 X 20%)와 납부지연가산세(미납세금 X 납부지연일수 X 0.022%)를 부담해야 합니다. 법정신고기한을 준수하여 양도소득세 및 증권거래세를 신고·납부하여야 가산세가 부과되는 일이 발생하지 않을 것입니다.

② 조세특례제한법에 따른 양도소득세 비과세 및 증권거래세 면제 제도 활용 조세특례제한법 제14조에서는 개인이 벤처기업에 직접 출자하여 취득한 주식을 양도하거나 벤처투자조합 등이 벤처기업에 직접 출자하여 취득한 주식을 양도할 때 일정 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 비과세 하도록 규정하고 있으며 조세특례제한법 제117조에서는 벤처투자조합 등이 벤처기업에 직접 출자하여 취득한 주식을 양도하는 경우 증권거래세를 면제하도록 규정하고 있습니다. 양도소득세 및 증권거래세 조세특례 규정을 활용하면 양도소득세 및 증권거래세를 절세할 수 있습니다.

③ 양도차익에서 차감되는 양도비용 검토 양도차익은 주식양도가액에서 주식취득가액과 양도비용을 차감하여 계산합니다. 세법상 양도차익에서 차감되는 양도비용으로는 대표적으로 증권거래세가 있으며 주식을 양도하기 위하여 불가피하게 직접 지출한 비용을 양도비용으로 인정한 조세심판례(조심2019서4485, 2020.11.10, 감심2003-0119, 2003.09.23 참조)가 있으므로 양도차익 계산 시 차감될 수 있는 추가적인 양도비용이 있는지 검토하여야 합니다.

2. 주식 인수자 측에 발생하는 세금 문제

1) 과점주주의 간주취득세 납세의무 비상장법인의 주식을 취득함으로써 과점주주(주주와 특수관계인 소유지분율 합계가 50%를 초과하는 주주)가 되었을 때에는 해당 법인의 토지, 건축물 등을 과점주주가 취득한 것으로 보아 간주취득세를 납부하여야 합니다.

따라서, 주식 인수자는 과점주주 간주취득세를 얼마나 부담할 수 있는지 주식인수 전에 확인하여 특수관계인을 고려한 지분배분전략을 검토하여야 합니다. 또한 인수법인에서 부동산에 대한 신규투자를 계획하고 있다면 주식인수 후에 부동산 신규투자를 하여야 과점주주 간주취득세가 부과되지 않을 것입니다.

2) 과점주주의 제2차 납세의무 법인의 재산으로 법인에게 부과되거나 납부할 국세 또는 지방세를 납부하여도 부족한 경우 세법상 납세의무성립일 현재의 과점주주는 부족한 금액에 과점주주의 소유주식 비율을 적용한 금액을 한도로 제2차 납세의무를 부담하게 됩니다.

따라서, 주식인수 후 경영권을 확보한 새로운 과점주주에게 제2차 납세의무가 발생하지 않도록 주식인수 전 세무실사를 통하여 우발성 조세채무가 존재하는지 반드시 확인한 후 우발성 조세채무에 대한 담보제공 요구 또는 인수대금의 지연지급, 주식 양도자에 대한 손해배상청구권 행사 등의 조치가 취해지도록 주식양수도 계약을 체결해야 할 것입니다.

3) 우발성 조세채무에 대한 세무실사 스타트업이 다른 스타트업 주식을 인수한 이후 피인수법인에 대한 세무조사 및 세무이슈에 대한 과세관청 해명 요청 등 세무문제가 발생함에 따라 납부하게 될 조세는 인수자가 부담하게 됩니다. 따라서, 주식인수 전에 회계실사 뿐만 아니라 면밀한 세무실사를 통해 법인세, 원천세, 부가가치세 등 국세 및 지방세에 대한 세무 리스크를 확인해야 합니다. 확인된 세무 리스크가 실제로 문제가 되는 경우 해당 조세채무에 대한 인수자, 피인수자 간의 책임 구분을 미리 협의하여 주식양수도 계약서에 반영해야 합니다.