스타트업·중소기업 M&A 관련
주요 세법 개정 이슈

세무법인 넥스트

조남철

2022년 하반기를 기점으로 글로벌 투자시장에 찬바람이 불기 시작했다. 연이은 금리 인상과 인플레이션 우려, 지정학적 리스크가 겹치면서 벤처캐피털과 사모펀드들의 지갑 끈이 단단히 조여졌다. 국내 스타트업 투자 규모는 전년 동기 대비 40% 이상 급감했고, 시리즈 A, B 단계의 중견 스타트업들조차 후속 투자 유치에 비상등이 켜졌다.

투자금 조달이 어려워지자 많은 스타트업과 중소기업들이 생존을 위한 치열한 고민에 빠져들었다. 다만, 창업중소기업의 경우 아직도 많은 세금감면 혜택을 주고 있고, 기술혁신형 중소기업에 대한 지분취득에 대해서 세액공제를 주고 있다.

본 기고문에서는 스타트업 및 중소기업이 창업 과정, 투자 과정에서 발생되는 주요 세법 개정 내용에 대해서 알아보고자 한다.

1) 창업중소기업 등에 대한 세액감면

- 청년창업중소기업 감면은 창업당시 나이가 만 15세이상 34세이상의 청년(단,병역을 이행한 경우 6년을 한도로 병역이행기간을 빼고 계산함)이 2025년말까지 창업한 스타트업, 중소기업의 경우 청년의 경우 5년간 수도권과밀억제권역 100%, 수도권과밀억제권역 밖의 경우 50% 감면이 된다.

하지만 2026년 1월 1일부터는 수도권과밀억제권역 밖의 구분이 수도권과 수도권 밖으로 구분되고, 감면율도 수도권(경기,인천)의 경우 75%감면으로 줄어든다.

또한 26년 1월 1일 이후 창업한 경우 청년창업자의 요건 미충족시 잔존기간 적용 감면율이 수도권 밖은 50%의 감면율을 적용받지만, 수도권은 25%의 감면율을 적용받게 된다. 참고로 법인사업자가 청년창업중소기업 감면을 받기 위해서는 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자에 해당되어야 한다.

2) 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 합리화

- 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인을 다른 내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식 또는 출자지분을 50%초과(경영권 실질 지배하는 경우 30%)하여 취득하고 취득일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유하는 경우 피인수법인 기술가치금액의 5%를 세액공제 혜택을 받을 수 있다.

다만 2025년 2월 28일부터는 기술가치금액 평가방법을 기존 기술평가기관에서 평가한 특허권 등에 대한 평가액 합계액으로 평가하는 직접법만을 인정하고 매입가액에서 피인수법인 순자산시가의 120% 초과한 금액으로 계산하는 간접법은 인정하지 않게 되었다.

또한 기존에는 주식 등의 최초취득일 기준 피인수법인의 지배주주등이 기준충족 사업연도 종료일 이후 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당되지 않고, 임원으로 근무를 하는 경우 요건 미충족으로 보아 세액공제 혜택을 받을 수 없었다.

하지만 시행령 시행일 이후 과세표준을 신고하는 분부터는 피인수기업의 임원으로 계속 근무하더라도 지분비율이 20%이하인 경우에는 요건을 충족하는 것으로 보아 기술가치금액의 5%에 대해서 세액공제를 받을 수 있게 되었다.

3) 개인투자조합을 통한 벤처투자에 대한 소득공제 합리화

- 스타트업 중소기업 투자 활성화를 위해서 개인투자조합이 벤처투자를 하는 경우 소득공제를 해주고 있다. 다만 벤처투자 소득공제 계산을 명확히 하기 위해서 계산방법을 거주자의 개인투자조합 출자금액 누적액에 해당 조합의 벤처기업 등 누적 투자비율을 곱한 금액에서 소득공제 기 적용된 투자액을 차감하여 소득공제 금액을 계산하도록 개정되었다.

A × B - C
(A) 거주자의 개인투자조합 출자금액 누적액
(B) 해당 조합의 벤처기업등 누적투자 비율*
* 개인투자조합이 밴처기업등에 투자한 누적금액 ÷ 개인투자조합 출자액 총액
(C) 소득공제 기 적용된 투자액

또한 개인투자조합 출자시 소득공제 추징 예외사유에 투자한 기업이 증권시장에 상장한 경우 등으로서 투자일로부터 1년 이후 개인투자조합이 해산된 경우는 기존 소득공제 추징 예외사유에 추가되어 벤처투자 선순환을 지원하게 되었다.

4) 벤처기업 복수의결권주식 취득 과세특례 세부규정 신설

- 복수의결권주식 제도란 1주당 최대 10개의 의결권을 부여하는 제도로, 벤처기업이 지분 희석 우려 없이 대규모 투자를 유치해 성장할 수 있도록 지원하고자 2023년 11월에 도입되었다. 기존 세법에서는 복수의결권주식을 취득하기 위해서 보통주식을 벤처기업에 현물출자하는 경우 보통주식 양도차익에 대해서 양도소득세를 과세했다. 경제적 실질에서 차이가 없음에도 불구하고 양도세가 발생되어 복수의결권주식 제도 활용에 제약이 있었다.

2025년 1월 1일이후 복수의결권주식이 보통주로 전환되는 경우 벤처기업의 증권시장 상장, 복수의결권주식 상속, 양도 등 경제 상황의 실질적 변화가 생긴 이후에 양도소득을 납부할 수 있게 되었다. 복수의결권주식 양도일 또는 보통주 전환일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고시까지 납부시기가 이연 되는데 이러한 혜택을 받기 위해서는 반드시 현물출자일이 속하는 반기 말일부터 2개월 내에 과세이연신청서 등을 세무서장에게 제출해야 하는 점을 유의해야 한다.