투자자가 개인일 경우, 개인에게는 소득공제 혜택이 주어진다(조특법 제16조)¹⁾.
투자조합에 대한 투자(중소기업창업투자 조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자 조합)하는 경우 10%, 벤처기업에 대한 투자시 금액별로 차등을 두어 투자금액의 100%~30%를 소득공제를 허용한다.
다만, 신주 발행 투자에만 허용된다. 즉 투자금이 대상 벤처 기업으로 유입되는 경우에만 가능하다. 구주매매로 인한 투자에 대하여는 적용하지 않는다. 신주 투자에만 조세 지원을 적용하는 것은 피투자 기업에게 자금 조달을 유인하기 위한 것으로 조세지원 정책의 기본 구조이다.

법인의 경우에도 투자금의 5%에 해당하는 세액공제 제도가 있다(조특법 제13조의2)²⁾. 창투사를 제외한 일반 법인에 대한 지원 제도인데, 투자 조합에서 LP(Limited Partner)에 대한 지원 제도로도 의미가 있다. 기존에 창투사에 대한 지원 제도는 있었으나, LP로 참여한 기업에 대한 혜택 또는 일반 기업이 직접 벤처기업에 투자하는 것에 대하여는 혜택이 없었다. 투자 유치 확대를 위한 정부 조치로 2017년도에 3년 한시 규정으로 처음 도입되었고, 이번 2019. 7. 25. 세법 개정안에 따르면 3년간(2022년까지) 혜택을 연장 하였다. 역시 신주 투자에만 적용되고, 특수관계법인에 대한 투자는 적용되지 않는다.

· 스타트업 창업 지원 센터 운영 사업자에 대한 50% 감면
중소기업창업지원법에 따른 창업보육센터 사업자로 지정 받은 사업자는 5년간 법인세 50%가 감면된다(조특법 제6조①³⁾). 물적 시설과 전문 인력을 보유하고, 사업계획 등 일정한 요건을 충족해야 한다(중소기업창업지원법 제6조). 당초 이 혜택은 지방에 설립한 창업보육센터 사업자만 적용 받았는데, 업계의 건의를 받아 들여, 2018년도 세법 개정으로 수도권 과밀억제권역에 창업한 경우에도 적용 받을 수 있게 되었다. 많은 기업들이 스타트업 창업지원센터를 운영하고 있으므로 도움이 될 것으로 보인다.

· 법인세, 소득세 50% 감면
투자금을 받아 벤처 기업이 회사를 운영할 때, 해당 소득에서 발생한 세금의 50%를 5년간 감면 받을 수 있다. 벤처기업은 법인사업자와 개인사업자 모두 해당된다(조특법 제6조②). 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 신성장 서비스업종을 운영하는 경우에는 창업 과세연도와 2년간 75%를 감면 받을 수 있다(조특법 6조 ⑤ 및 시행령 5조 ⑪, 2018년도 개정). 대부분 벤처 기업이 75% 감면 업종에 해당될 것으로 보인다.

· 스톡 옵션에 대한 과세 특례
벤처기업은 스톡 옵션(stock option, 주식매수선택권)에 대하여도 혜택이 있다. 스톡옵션 제도에 대한 설명을 먼저 할 필요가 있다.
스톡 옵션 제도는 세법, 회계, 상법, 자본시장법, 옵션가치평가 등 다양하고 복잡한 논제를 낳는다. 옵션(선택권)이라는 성격에, 손익거래(회사와 임직원간 근로계약에 기초하여 인식한 주식보상비용 또는 급여라는 손익거래성격)와 자본거래(행사시 주식발행으로 회사와 주주간 거래가 됨)가 결합된 복합 거래(hybrid)이기 때문이다.

세법은 행사이익을 근로소득으로 보아 과세한다(회사가 원천 징수하여 납부, 소득세법 127조). 행사이익(=②-①)이란 ① 약정된 가액(임직원이 실제로 취득한 가액)과 ② 취득 당시 시가(market price)와의 차이를 의미 하는데, 문제는 이게 싸게 취득한 가상의 이익에 불과하므로, 세금을 납부할 현실의 이득은 아직 없다는 점이다 (미실현 이익 과세문제, 유동성과 담세력 문제를 낳는다). 실제로 많은 기업들이 임직원에게 세금 납부를 위해 대출을 알아봐줘야 하는 상황에 이른다. 벤처기업이 비상장 법인이면서 성장성이 정체된 상황이라면 주식 매각을 통한 이익 실현이 어려워 세금 납부에 큰 어려움을 겪게 된다.

상장기업이라고 해서 문제가 해결되는 것도 아니다. 스톡옵션을 행사한 임직원은 여전히 회사에 남아서 열심히 일을 하지, 곧바로 지분을 팔거나 퇴사하는 사람들이 아니다. 스톡옵션을 부여 받은 임직원은 조직 내 핵심 인력에 해당하고, 회사의 경영 방침에 대체로 같은 방향으로 움직이는 사람들이고, 이들이 받은 주식은 경영권 차원에서 우호 지분을 형성하는데, 스톡옵션으로 취득한 주식을 곧바로 매각하게 되면 우호지분의 감소, 주가에 미치는 영향 등으로 매각 의사 결정을 쉽게 할 수 없기 때문이다.

따라서 일정 기간 취득한 주식을 보유하게 되는데, 주가가 하락하는 경우 문제가 된다. 행사시 높은 주가를 기준으로 세금을 부담하였는데, 이후 주가가 하락하게 되면 실제 이익에 비해 과도한 세금을 낸 셈이 되기 때문이다.

곧바로 매각을 하고자 하여도 실무적인 문제가 있다. 주식을 상장하는데 행정상 며칠 또는 몇 주가 소요되고 그 과정에서 주가가 떨어지게 되는 경우도 발생하는데, 과세 관청은 이에 대한 별도 규정이 없으므로 고려할 수 없다는 입장이고(국세청 상담센터, 2012.1.19. 스톡옵션 관련 질의), 이에 대하여 주가가 하락한 시점을 기준으로 행사이익을 계산하여 신고한 사안에 대하여 추징한 사례도 있는데(서울고등법원 2011누 32791, 2012.2.9), 실제 실현된 이득에 대하여 세금이 부과될 수 있도록 제도적 정비가 필요해 보인다. 입법적 개선이 필요하다.

본론으로 돌아와, 스톡옵션 관련 조세특례제한법은 다음 3가지 특례를 두고 있다.
첫째, 행사이익에 대한 연간 2천만원까지 비과세 혜택을 두고 있다(조특법 제16조의 2)⁴⁾. 2019 세법개정안에 따르면 2020년도부터 부여하는 스톡옵션에 대하여는 연간 3천만원으로 비과세 혜택을 확대하였다.

둘째, 미실현 이익에 대한 문제를 해결하기 위해, 행사이익으로 인한 세금을 5년간 분할하여 납부하는 제도를 두고 있다. 확정된 세액의 납부를 이연하는 제도이다(조특법 제16조의 3)⁵⁾. 예를 들면, 행사 당시 주가가 1만원(market), 실제 취득한 가격이 4천원(행사가격)이면, 주당 6천원이 행사이익이고, 1만주를 취득하게 되었다면, 6천만원의 행사이익이 되며 근로소득 과세 대상이 되고, 소득세율 30%라면 세금을 18백만원(=6천만원*30%)를 원천 징수하게 된다. 문제는 행사이익 6천만원은 실현된 이득이 아니므로 당장 18백만원을 낼 여력이 없어, 이를 5년에 걸쳐 납부하도록 하는 규정이다(연간 3.6백만원씩, 18백만원/5년=3.6백만원).

셋째, 한단계 더 나아가, 주식을 처분할 때까지 과세 시점을 연기할 수 있는 제도를 운영하고 있다(조특법 제16조의 4)⁶⁾. 5년간 나눠 세금을 납부하더라도 계속 보유하고 있다면 미실현 이익에 대하여 세금을 부담한 셈이 되고, 추후 처분 할 때 가격이 하락해 있다면 과도한 세금을 부담한 셈이 되기 때문이다.
위 사례에서 주식을 매각하는 경우, 주가가 7천원으로 하락하여 있다면, 임직원은 7천만원과 취득가 4천만원과의 차이인 3천만원이 실제로 얻게 된 이익이 된다. 그런데 행사 당시 주가인 주당 1만원을 기준으로 이익을 계산하여 6천만원{=(@10,000원-@4,000원)*1만주}에 대해 보아 18백만원 세금을 낸 셈이 되니 실제 얻은 이익에 비해 많이 낸 셈이 된다.

이러한 문제점을 해결하기 위해, 행사시점(주식 취득시점)에 과세하지 않고 주식을 양도하는 시점에 당시 주가를 기준으로 세금을 낼 수 있도록 하는 특례를 규정하였다(조특법 제16조의 4). 위 사례에서 주가가 7천원으로 떨어졌다면 양도시점을 기준으로 이익을 계산하여(이익 3천만원) 세금을 부담할 수 있도록 하는 규정이다. 이는 근로소득이 아니라 양도소득으로 과세된다.
참고로 비과세 혜택 2천만원(2020년부터 3천만원)은 그대로 적용되므로, 앞서 계산된 금액에서 2천만원을 빼고 남은 금액을 행사 차익으로 보아 5년간 분할 납부 세액을 계산하거나, 실제 양도시점의 양도차익에서 2천만원을 차감해야 정확한 금액이 계산된다.

2019. 7. 25 정부가 발표한 세법개정안에 따르면, 벤처캐피탈이 투자한 지분을 향후 매각할 때 양도차익을 비과세하는 기존 규정과 관련(조특법 제13조), 비과세 대상 투자 범위를 신주투자에서 구주투자로 확대하였다. 2020. 1. 1 이후 투자분부터 적용된다(기획재정부 발표, 2019년 세법개정안 상세본 제28면, 2019. 7. 25).

벤처캐피탈은 벤처기업에 투자한 지분에 대해서 향후 매각할 때 양도차익이 비과세되는 규정을 적용 받고 있었는데, 이러한 비과세 특례는 회사로 자금이 들어가는 신규 투자분(유상증자)에 대해서만 인정 받을 수 있었다(조세특례제한법 제13조).
그런데 이번 세법 개정(안)에서는, 신규투자(유상증자)가 이루어지는 경우를 전제로, “증자대금의 10% 범위 내에서 6개월 이내에 구주를 인수한 지분”에 대해서도 매각시 양도차익 비과세 규정을 적용 받을 수 있도록 그 범위를 확대하였다(정부, 2019.8.29 발의, 조세특례제한법 일부개정법률안 제13조 제2항 단서규정 및 제5호 신설, 제3항 단서규정 및 제4호 신설, 의안번호 2022215).
최초 투자자의 EXIT의 길을 여는 것과 새로운 투자를 유치하는 것은 동전의 양면과도 같은 불가분의 관계에 있으므로, 정부가 이를 이해하여 구주거래에 대하여도 세제지원을 확대하는 것은 벤처 생태계 발전을 위해 매우 바람직한 제도라고 이해된다. 이를 통해 보다 활발한 벤처 투자가 이루어 질 것으로 예상된다. 향후에도 이와 같은 제도 개선을 위한 정부의 지속적인 관심이 기대된다.